A mezzogiorno del 13 giugno 1231, era un venerdì, Antonio si sente mancare e pregò i confratelli di portarlo a Padova, dove voleva morire. Si racconta che mentre stava per spirare ebbe la visione del Signore e che al momento della sua morte, nella città di Padova frotte di bambini presero a correre e a gridare che il Santo era morto.
Anche in vita Antonio aveva operato miracoli quali esorcismi, profezie, guarigioni, compreso il riattaccare una gamba recisa, o un piede, fece ritrovare il cuore di un avaro in uno scrigno, ad una donna riattaccò i capelli che il marito geloso le aveva strappato, rese innocui cibi avvelenati, predicò ai pesci, costrinse una mula ad inginocchiarsi davanti all’Ostia, fu visto in più luoghi contemporaneamente, da qualcuno anche con Gesù Bambino in braccio.
Poiché un marito accusava la moglie di adulterio, fece parlare il neonato “frutto del peccato” secondo l’uomo per testimoniare l’innocenza della donna.
I suoi miracoli in vita e dopo la morte hanno ispirato molti artisti fra cui Tiziano e Donatello. Antonio fu canonizzato l’anno seguente la sua morte dal papa Gregorio IX. La grande Basilica a lui dedicata sorge vicino al convento di Santa Maria Mater Domini.
Trentadue anni dopo la sua morte, durante la traslazione delle sue spoglie, San Bonaventura da Bagnoregio trovò la lingua di Antonio incorrotta, ed è conservata nella cappella del Tesoro presso la basilica della città patavina di cui è patrono.